Con los equipos clasificados de la primera ronda, los que no alcanzaron a ingresar a la zona de grupos de la Libertadores y los terceros en los grupos de la Copa, quedaron definidos los cruces de la segunda fase de la Copa Sudamericana 2018. El torneo se reanudará el 17 de julio, a dos días que finalice el Mundial.

Los equipos argentinos tuvieron suerte a la hora de conocer sus rivales para esta instancia de la competición. San Lorenzo, campeón de la primera edición (2002), jugará ante Deportes Temuco de Chile. El otro campeón del torneo de los elencos nacionales, Lanús (2013), se enfrentará con Junior de Barranquilla que viene de la Copa Libertadores tras quedar tercero en el Grupo H. 

Colón, es uno de los equipos que la tiene más difícil, tendrá que viajar a Brasil para definir con Sao Paulo. Banfield, que se chocará ante Bostón River (Uruguay) y Defensa y Justicia vs El Nacional de Ecuador.

Así quedaron los 16 cruces:

General Díaz (Paraguay) - Millonarios (Colombia)

Nacional (Paraguay) - Botafogo (Brasil)

Sol de América (Paraguay) - Nacional (Uruguay)

Sao Paulo (Brasil) - Colón (Argentina)

Boston River (Uruguay) - Banfield (Argentina)

Fluminense (Brasil) - Defensor Sporting (Uruguay)

Atlético Paranaense (Brasil) - Peñarol (Uruguay)

Deportivo Cali (Colombia) - Bolívar (Bolivia)

Liga de Quito (Ecuador) - Vasco da Gama (Brasil)

Caracas (Venezuela) - Sport Huancayo (Perú)

Deportivo Cuenca (Ecuador) - Jorge Wilstermann (Bolivia)

Defensa y Justicia (Argentina) - El Nacional (Ecuador)

Lanús (Argentina) - Junior (Colombia)

San Lorenzo (Argentina) - Deportes Temuco (Chile)

Bahía (Brasil) - Atlético Cerro (Uruguay)

Rampla Juniors (Uruguay) - Independiente Santa Fe (Colombia)